Harald Schultz-Hencke begann 1922 seine psychoanalytische Ausbildung am Berliner Psychoanalytischen Institut und schloss sie dort 1925 ab. Er entwickelte nachfolgend unter Verwendung der von ihm entworfenen Terminologie seine eigenen Vorstellungen von Psychoanalyse, die zum Teil von der Lehre Sigmund Freuds abwichen. In der Zeit des Nationalsozialismus arbeitete er am 1936 gegründeten Deutschen und späteren Reichsinstitut für psychologische Forschung und Psychotherapie mit und gewann im Institut ab etwa 1939 einen starken Einfluss auf Ausbildung und Forschung. Dabei war Schultz-Hencke weder Mitglied der NSDAP, noch übte er Leitungsfunktionen am Deutschen bzw. Reichsinstitut aus. Nach dem Zusammenbruch der nationalsozialistischen Diktatur gründete er zusammen mit Werner Kemper 1945 das Institut für Psychopathologie und Psychotherapie, aus dem das Zentralinstitut für psychogene Erkrankungen der Versicherungsanstalt Berlin erwuchs. Die dort von Schultz-Hencke initiierten und nach seinem Tod fortgesetzten Forschungen führten 1967 zur Anerkennung und Finanzierung der ambulanten psychoanalytisch orientierten Psychotherapie durch die gesetzlichen Krankenkassen in Deutschland.